Allendeja, demokratično izvoljenega socialističnega predsednika, so našli mrtvega 11. septembra 1973, ko je vojska vdrla v predsedniško palačo po večurnem bombardiranju in bojih. Takratna obdukcija je pokazala, da naj bi Allende naredil samomor, a njegovi številni privrženci še danes vztrajajo, da so ga verjetno ubili vojaki ali ostrostrelec.

"Ne bom odstopil. Na tem zgodovinskem križišču bom s svojim življenjem plačal privrženost ljudi," je Allende dejal v zadnjem nagovoru ljudstva. V teh njegovih besedah številni vidijo namig, da je bil Allende odločen, da ga vojska ne bo zajela živega. Teorijo o samomoru predsednika podpirata tudi njegova zdravnika, ki sta bila ob Allendejevi smrti zraven. Zdravnik Arturo Jiron trdi, da je videl Allendejevo truplo le nekaj trenutkov po tem, ko se je ubil. Allende naj bi naredil samomor z avtomatsko puško, ki mu jo je podaril kubanski predsednik Fidel Castro med nekim obiskom.

Tanatolog Luis Ravanal je leta 2008 po analizi avtentičnega poročila o obdukciji trdil, da je našel dokaze o ranah iz dveh različnih orožij.

Preiskava 726 primerov kršitev človekovih pravic
Preiskava je del širše preiskave o 726 pritožbah o kršenju človekovih pravic med diktaturo Pinocheta med letoma 1973 in 1990. Sodnik Sergio Munoz, odgovoren za usklajevanje vseh preiskav o kršitvah človekovih pravic, je tožilstvo zaprosil, naj ugotovi število primerov, v katerih ni potekala še nobena preiskava in da naj vloži pritožbo v imenu domnevnih žrtev. Glede Allendejeve smrti ni bil izveden še noben sodniški postopek.

Allende je na mesto predsednika države prišel septembra 1970, po treh letih vladanja pa so general Pinochet, admiral Jose Toribio Merino in general letalstva Gustavo Leigh v sodelovanju z načelnikom policije Cesarjem Mendozo izvedli državni udar. Pinochet je od Allendeja zahteval odstop, ko ga je zavrnil, pa so predsedniško palačo, v kateri je bil, najprej obstreljevali s topništvom, nato pa še z letali.