Edini osumljenec, ki mu sodijo zaradi domnevne vpletenosti v teroristične napade 11. 9. 2001, je med sojenjem še dejal, da mu je vodja teroristične mreže Al Kaida Osama bin Laden naročil, naj ugrabi letalo in se z njim zaleti v Belo hišo.

Povedal je še, da je po prijetju avgusta 2001 namerno lagal preiskovalcem FBI-ja, s čimer je svojim kolegom omogočil, da so uspešno izvedli akcijo. Tudi na vprašanje tožilca, ali je bil cilj napada, ki naj bi ga izvedel na Belo hišo, ubiti Američane, je obtoženi odgovoril pritrdilno.

Povedal je tudi, da podrobnosti načrtovanih napadov ni poznal, ker je tako sam hotel, prav tako naj se v ZDA ne bi srečal z nobenim izmed 19 napadalcev, vendar pa naj bi, sodeč po slikah, večino poznal vsaj na videz. Moussaoui je priznal tudi, da je poznal glavnega načrtovalca napadov Mohameda Ato.

Moussaoui se je ob prijetju, en mesec pred napadi, na simulatorjih uril za pilota velikih potniških letal. Zanikal je, da bi bil pomembnejši pripadnik Al Kaide in trdil, da je bil le izvajalec.