Državni preiskovalec Akrivos Tsolakis je po ogledu prizorišča dejal, da je možen vzrok nesreče težava s pritiskom v kabini. Dejal je, da je v kabini primanjkovalo kisika, kar se po navadi zgodi, ko v kabini pade pritisk.

Vsa trupla, ki so jih reševalci že našli, naj bi imela na obrazu kisikove maske.

Letalo sta ob približevanju Atenam spremljala vojaška lovca, saj je nadzorni stolp na letališču izgubil stik s pilotoma. Pilot enega od lovcev je dejal, da v kabini potniškega letala ni videl pilota, videti pa je bilo, kot da je tudi kopilot omahnil na sedežu, čeprav naj bi si nadel kisikovo masko.

Gre za najhujšo letalsko nesrečo v grški zgodovini. Zadnja večja nesreča se je zgodila leta 1997, ko je letalo strmoglavilo med pristankom, pri čemer je umrlo 70 ljudi. Zaradi nesreče je počitnice prekinil tudi grški premier Kostas Karamanlis. Ciper je že razglasil tridnevno žalovanje.

Sporočilo z letala
Grška televizijska postaja Alpha je poročala, da naj bi pilot nadzornikom poletov sporočil, da ima letalo težave s klimatskim sistemom. Po tem so bile vse komunikacije prekinjene. Grška državna televizija pa je objavila kratko sporočilo enega od potnikov sorodniku, da je pilot povsem moder v obraz in da sta oba s kopilotom omahnila na sedežu. Dodal je še, da je v letalu izredno mrzlo, in se poslovil od njega.

Črni skrinjici, ki nosita podatke o dogajanju na letalu med poletom, so že našli. Oblasti so že pred tem možnost ugrabitve oziroma napada na letalo izključile.

Zaletelo naj bi se v goro
Po besedah grškega obrambnega ministrstva je letalo ob približno 12.20 po krajevnem času strmoglavilo v bližini kraja Kalamos, 40 kilometrov severno od Aten. Iz Larnake je odletalo ob 9.00 po krajevnem času in po eni uri in pol izgubilo stik z nadzornim stolpom. Krajevni radio je poročal, da se je letalo - na poti med Larnako v Prago z vmesnim postankom v Atenah - zaletelo v goro.

Slišal močen pok
Dimitris Katezas, ki živi blizu kraja, kjer je letalo strmoglavilo, je videl potniško letalo in oba lovca s prostimi očmi. Mislil je, da gre za pomembno delegacijo ali pa hudo krizno situacijo. Približno tri minute kasneje je slišal močen pok.

Helikopterji na prizorišču
Na prizorišče nesreče - težko dostopno in z grmovjem poraščeno gorato območje - so prispeli policijski in vojaški helikopterji, ki preiskujejo razbitine letala.

Jezni sorodniki žrtev
Ciprski predsednik Tassos Papadopoulos je odšel v Larnako, kjer so se pred izpostavami Heliosa zbrali zaskrbljeni sorodniki in prijatelji ljudi, ki so potovali v Prago. Od ciprskega letalskega prevoznika so zahtevali, naj objavi seznam potnikov, ki so bili na letalu. Nekateri so celo vzklikali "Helios, morilci!" Papadopoulos je sorodnikom žrtev izrekel iskreno sožalje in jim ponudil svojo podporo.

Letalo v dobrem stanju
Predstavnica Heliosa, v lasti katerega je bilo letalo, je dejala, da je bilo letalo pred poletom v dobrem stanju. Zagotovila je, da ni bilo nobenih težav s prezračevalnim sitemom. Nekateri namreč ugibajo, da bi lahko težave z zrakom povzročila napaka na ventilacijskem sistemu.

Podjetje Helios je prvo ciprsko zasebno letalsko podjetje, ki je začelo delovati leta 1999. V svoji floti ima štiri letala boeing 737, proge pa ima vzpostavljene med mesti London, Atene, Sofija, Dublin, Strasbourg in nekaterimi mesti v Franciji.

Težave z njihovimi letali so se pojavljale tudi v preteklosti. Decembra 2004 je moralo letalo, ki je nenadoma izgubilo pritisk, zasilno pristalo v Larnaki, tri potnike pa so morali prepeljati v bolnišnico.

Strmoglavljenje skrajno nenavadno
Kljub temu da so se podobne nesreče dogajale v preteklosti, je poznavalec današnje strmoglavljenje označil za skrajno nenavadno.

Urednik revije Air Transport Intelligence Kieran Daly je dejal, da se je v preteklosti že zgodilo, da sta oba pilota izgubila zavest med letom. Čudno pa je, da se je taka nesreča zgodila na letalu, kot je boeing 737, ki ima veliko varnostnih sistemov. Daly je dejal, da pričakuje zelo dolgo in zapleteno preiskavo nesreče.