Boškovski, ki ima poleg makedonskega še hrvaško državljanstvo, je bil od avgusta 2004 v zaporu v Pulju na Hrvaškem. Čakal je na sojenje zaradi uboja sedmih nezakonitih azijskih priseljencev v Makedoniji leta 2002.

Boškovskega, ki je bil notranji minister od maja 2001 do novembra 2002, obtožujejo še, da je odgovoren za napad policije in vojske na vas Ljuboten na severozahodu Makedonije avgusta 2001, ko je bilo v akciji ubitih sedem albanskih civilistov.