Krajišnik je obtožbe na svoj račun poslušal povsem neprizadeto. Od leta 1992 do 1995 je bil predsednik parlamenta Republike srbske in tesni sodelavec voditelja bosanskih Srbov Radovana Karadžića.

Krajišnik je obtožen osmih kaznivih dejanj, med drugim genocida, zločinov proti človečnosti in kršitev vojnega prava. Aprila leta 2000 se je pred sodiščem zagovarjal kot nedolžen.

Na prvem nastopu aprila 2000, potem ko je bil istega leta aretiran in priveden v Haag, je napovedal, da se bo zagovarjal kot nedolžen.

Pet milijonov dolarjev za Karadžića
Njegov nekdanji nadrejeni, Radovan Karadžić, je eden izmed najbolj iskanih ljudi na območju nekdanje Jugoslavije in za njegovo prijetje je razpisana nagrada v višini pet milijonov ameriških dolarjev. Karadžić je obtožen pokola v Srebrenici leta 1995 in brutalnega zavzetja Sarajeva. Tožilci trdijo, da sta Krajišnik in Karadžić delovala skupaj in dosegla, da so večje skupine Bošnjakov in bosanskih Hrvatov pobegnile s svojih domovanj.