Odprtje živalskega vrta v Berlinu, po vzoru londonskega modela, sta leta 1844 podprla sloviti raziskovalec in znanstvenik Alexander von Humboldt in krajinski arhitekt Peter Joseph Lenne. Vrt, ki je imel že od vsega začetka namen predvsem izobraževati prebivalce Berlina, je bil sprva sicer precej majhen. Vseh začetnih 47 živali je takrat živalskemu vrtu podaril pruski kralj Friderik Viljem IV.

Razvoj živalskega vrta je sledil duhu časa, sprva kot menažerija eksotičnih živali, nato pa se je z razvojem Nemčije ob koncu 20. stoletja razvil v pomembno zoološko ustanovo. Do 30. let prejšnjega stoletja so poleg živali razstavljali tudi temnopolte ljudi, kar je bilo takrat za živalske vrtove običajno. Mnogi so takrat prikazovanju ljudi kot zanimivosti v živalskih vrtovih nasprotovali, ne zaradi dostojanstva ljudi na razstavah, ampak zato, ker so z njihovim prikazom znanstveniki nasprotovali cerkvenim naukom o nastanku človeka.

Med drugo svetovno vojno je bil živalski vrt hudo poškodovan in obstreljevanje mesta je preživelo le 91 od 3715 živali. Med preživelimi je bil povodni konj Knautshke, ki je v povojnih letih postal simbol trdoživosti in prijaznosti prebivalcev mesta. Med povojnim razvojem in obnovo Nemčije je živalski vrt počasi dobil sodobno podobo kot vodilna zoološka ustanova v Nemčiji in Evropi. Dandanes sta njihova glavna cilja izobraževanje obiskovalcev o ogroženih živalskih vrstah in boj za njihovo ohranitev.