Slavni severni medvedek je najprej staknil neko (za zdaj še neznano) infekcijo, ki je povročila encefalitis - vnetje možganskega tkiva, ki povzroča tudi otekanje možganov. Usodnega 19. marca se je Knut zaradi pritiska velike otekline zgrudil in padel naravnost v svoj bazen, v katerem se je zaradi nezavesti utopil. Vendar je bilo po besedah patologinje Claudie Szentiks vnetje tako hudo, da bi prej ali slej vodilo v smrt, zato je utopitev le uraden vzrok smrti, medtem ko je Knutovo življenje pravzaprav zapečatil encefalitis.

Obdukcijo so opravili strokovnjaki iz živalskih vrtov v Berlinu in Leibnitzu ter z inštituta za divje živali IZW, novico pa so uradno potrdili tudi v vodstvu berlinskega živalskega vrta, ki je Knuta pred štirimi leti vzel pod svoje okrilje, ko ga je zapustila mama. Ob tem so zavrnili očitke aktivistov za pravice živali in Knutovih oboževalcev, ki so trdili, da je umrl zaradi stresa ob neustreznih življenjskih razmerah v živalskem vrtu.