Njegova Arheologija vednosti sodi med temeljne prispevke k humanistični in družboslovni misli druge polovice 20. stoletja. Knjiga, ki je prvič izšla leta 1969 pri pariški založbi Gallimard, je pravzaprav teoretski in metodološki sklep njegovih prejšnjih zgodovinskih raziskav, objavljenih v knjigah Zgodovina norosti v času klasicizma (1961), Rojstvo klinike (1963) ter Besede in reči: Arheologija humanističnih znanosti (1966).
Michel Foucault je z Arheologijo vednosti prerezal popkovino s francoskim strukturalizmom in misleci, kot so Claude Levi-Strauss, Roland Barthes, Louis Althusser in Emile Benveniste. Izjavo pojmuje kot dogodek, ki prelamlja z določenim diskurzom ali pojmovno strukturo, pri tem pa kot primer navaja trditvi, da je Zemlja okrogla in da se vrste razvijajo. Ti trditvi namreč ne konstituirata iste izjave pred Nikolajem Kopernikom in po njem oziroma pred Charlesom Darwinom in, spet, po njem.
Diskurze je Foucault konceptualiziral kot "prakse, ki sistematično oblikujejo objekte, o katerih govorijo". Šele določen diskurz proizvaja mogoče objekte govora in vednost o njih, hkrati pa distribuira posebne subjektne položaje, "mesta, od koder subjekt lahko govori". Ker je človekova subjektivnost v filozofovi zastavitvi učinek in podložnik diskurzov, s prepoznavanjem subjektivnosti prepoznavamo tudi oblastne mehanizme določenega zgodovinskega obdobja.
Trilogija Zgodovine seksualnosti
Po Arheologiji vednosti - v letu ko je izšlo, je Foucault postal profesor za zgodovino miselnih sistemov na prestižnem pariškem College de France - se je podpisal še pod delo Nadzorovanje in kaznovanje (1971), ni pa mu uspelo dokončati projekta Zgodovina seksualnosti.
V trilogiji se je posvetil raziskovanju odnosa do seksualnosti in telesa v preteklih zgodovinskih obdobjih, od antične Grčije do obdobja meščanstva. Njegovo temeljno spoznanje je, da so že Grki, ki so bili do istospolnosti dokaj liberalni, omejevali področje seksualnosti. Odločujoča norma, ki je v njihovi družbi urejala seksualnost, je bil družbeni status.
Za obdobje meščanstva po 17. stoletju je, kot piše, značilno prikrivanje in zamolčevanje seksualnosti, v novejšem času, po "previdnem zdravniškem in teoretskem razkrivanju seksualnosti", pa se volja do znanja ni ustavila pred tabujem, ampak se je zagrizeno lotila ustvarjanja znanstvenega vedenja o spolnosti.

Dokončanje projekta je Michelu Foucaultu, enemu izmed prvih žrtev aidsa, 25. junija leta 1984 preprečila smrt.