V galeriji, po kateri je dobil ime celoten muzej, je razstavljen znameniti Zevsov in Atenin oltar, t. i. Pergamonski oltar, ki je v antiki veljal za eno izmed čudes sveta.

Nemški arheologi so dele Pergamonskega oltarja odkrili leta 1878 in jih osem let pozneje na podlagi sporazuma med nemško vlado in Otomanskim cesarstvom prenesli v Berlin. Gre za spoj oltarja in svetišča, s prostostoječimi kipi grifonov, levov, tritonov in konjev na strehi nad kolonado. Napis na oltarjevem arhitravu je iz 2. stoletja, nekateri deli okrasja pa so bili končani šele pod Rimljani po letu 133. Njegova dokončna rekonstrukcija, ki so jo izvedli Nemci, pa je trajala do 1902.

Kaj bo vendarle na ogled?
Nekaj razstavnih predmetov, ki jih hranijo v muzeju, bodo na ogled postavili v bližnjem začasnem razstavišču. Tam bodo razstavili tudi panoramo mesta Pergamon, ki jo je naslikal Jadegar Asisi. Veliko krožno sliko, ki je bila v letih 2011 in 2012 razstavljena na notranjem dvorišču Pergamonskega muzeja, trenutno pripravljajo za postavitev na novi lokaciji. Med razstavnimi predmeti, ki si jih bo še vedno mogoče ogledati, je tudi Telefov friz, kjer gre za globok izklesan relief devetdesetih figur in je del Pergamonskega oltarja.

Druga krila muzeja bodo za zdaj ostala odprta za obiskovalce, vendar v muzeju načrtujejo še nadaljnjo prenovo. Hkrati pa opozarjajo na možnost daljših čakalnih vrst za vstop v muzej.
Pergamonski muzej je eden najbolj obiskanih na svetu, njegove zbirke antične umetnosti pa se umeščajo med največje antične zbirke na svetu.
Muzej je v stavbi iz leta 1930 in je del znanega berlinskega Muzejskega otoka (Museumsinsel), ki predstavlja simbol ponovne združitve berlinske muzejske krajine. Leta 1999 je bil postavljen na Unescov seznam svetovne dediščine.
Med največjimi dragocenostmi muzeja so še ploščice s tako imenovane babilonske Paradne ceste in Ištarinih vrat iz obdobja Nebukadnezarja (604-562 p. n. št.) ter 1800 let stara rimska vrata iz Mileta.