Borut Pahor naj bi kot predsednik vlade leta 2009 po mnenju nekdanjega diplomata Milana Balažica v primeru pogajanj glede meje med Slovenijo in Hrvaško kršil 350. člen kazenskega zakonika. Ta določa, da se slovenski državljan, "ki poskuša spraviti Republiko Slovenijo v podrejenost ali odvisnost nasproti drugi državi, kaznuje z zaporom od enega do desetih let".

Balažic, ki je sicer sodeloval pri pripravi arbitražnega sporazuma, v ovadbi, ki jo je vložil na okrožno državno tožilstvo v Ljubljani, zatrjuje, da je Pahor 350. člen kršil s tem, ko je privolil v 3. člen arbitražnega sporazuma. Ta člen namreč ni omogočal razsodbe arbitražnega sodišča glede neposrednega stika slovenskih teritorialnih voda z odprtim morjem. Hkrati pa naj bi člen kazenskega zakonika kršil tudi zato, ker je omogočil, da je Hrvaška v EU vstopila brez predhodne uveljavitve arbitražnega sporazuma, kar določa vsebina 3. odstavka 11. člena sporazuma, v katero je takratni premier privolil.

Pahor ni dopuščal dvomov
Glede na lansko razglasitev arbitražne sodbe je po presoji Balažica navedeno neposredno škodovalo Sloveniji, saj neposrednega stika teritorialnih voda z odprtim morjem država ni dobila. Dejanski status stika, kot neškodljivega prehoda čez hrvaške ozemeljske vode, pa je Slovenijo v razmerju do sosednje Hrvaške postavil v podrejen položaj in odvisnost, piše v ovadbi, ki jo je posredovala Balažičeva stranka Novi socialdemokrati.

"Danes Slovenija prvič v svoji zgodovini ne more iti prosto na odprto morje, ampak je to prek hrvaškega morja, prek tega dimnika, prek stika," je za Radio Slovenija povedal Balažic. Član Novih socialdemokratov Andrej Magajna je ob tem dodal, da Pahor leta 2009 ni dopuščal dvomov o arbitražnem sporazumu, in opisal Pahorjev klic: "Zelo mirno mi je rekel, če boš kar koli razmišljal v tej smeri, da ne bi podprl zakona, boš izgubil poslanski mandat." Magajna je namreč takrat kot poslanec SD-ja sporazum podprl.

Predsednik je na arbitražni sporazum ponosen
Pahor je v odzivu na Balažičevo ovadbo dejal, da je v slovenski politiki praktično od ustanovitve samostojne države, pri čemer je bil z njo v dobrem in slabem. Poudaril je, da je ponosen predvsem na tri stvari: na svoj prispevek k spravi, na prispevek k podpisu in ratifikaciji arbitražnega sporazuma oziroma na dejstvo, da je arbitražno sodišče kljub zapletom dokončalo delo in da je meja določena. Tretja stvar, na katero je ponosen, je, da se ni nikoli okoristil s svojim položajem. Pri tem je še dodal, da je predsednik države zato, ker so ga na to mesto postavili ljudje: "Zaupali so mi, poznavajoč vse okoliščine, tudi to, povezano z arbitražno razsodbo."

Stare zamere Balažica do Pahorja?
Junija 2014 je Pahor kot predsednik republike podpisal ukaz o odpoklicu Balažica, ki je bil takrat izredni in pooblaščeni veleposlanik Slovenije v Avstraliji. Vlada je namreč že maja istega leta sprejela predlog, da z 31. julijem Balažica odpokliče z mesta veleposlanika, saj je na slovesnosti na odprtju slovenskega konzulata v Melbournu sedel z obsojenim pedofilom Nicholasom Omanom.

Sprva je ministrstvo za zunanje zadeve presodilo, da ni bilo nepravilnosti, a se je pozneje zaradi dodatnih pričevanj in slikovnega materiala premislilo. Zunanji minister Karl Erjavec je presodil, da ga je Balažic zavajal, poleg tega so izseljenci v Avstraliji Erjavcu in Pahorju poslali tudi peticijo proti diplomatu.