Ob začetku recesije leta 2009 je Pahorjeva vlada postavila napačno diagnozo glavnega finančnega problema v Sloveniji. Menili so namreč, da se država spopada s strukturnim primanjkljajem oziroma naraščajočim javnim dolgom, pri čemer so podcenili težave v bančnem sistemu, je v izjavi za medije dejal Borut Pahor.

Ti so se začeli kopičiti med letoma 2006 in 2008, ko so banke odobravale visoka posojila brez ustreznih zavarovanj. Tega pa v Pahorjevi vladi niso vedeli in zato v bančnem sistemu niso videli težav takšnih, kot so se izkazale potem.

Ob tem pa je Pahor dejal, da del odgovornosti za težave v bančnem sistemu nosi tudi Banka Slovenije, s tem pa tudi njen nekdanji guverner in član Pahorjeve vlade Mitja Gaspari.

Dodal je, da mora biti prioriteta sedanje vlade sanacija bančnega sistema. Obenem pa tudi pokojninska reforma, ki jo bo podprl, četudi se s "s kako malenkostjo ne bo strinjal". Kot nujno je ocenil tudi reformo trga dela, čeprav je obenem dodal, da bi si zanjo lahko vzeli več časa.

Pahor podpira tudi vpis zlatega fiskalnega pravila v ustavo, čeprav je Slovenija po njegovem mnenju zamudila čas, ko bi ta vpis še imel simbolen vpliv na mednarodne finančne trge.