Španec je v 189,4 km dolgi etapi od La Vall d'en Basa do Vallnorda v Andori za 23 sekund ugnal Italijana Micheleja Scarponija (Lampre), tretji pa je bil Američan Levi Leipheimer (RadioShack).
Brajkovič (RadioShack) je v etapi, ki se je končala z vzponom na prelaz Pal z nadmorsko višino 2.030 metrov, končal na 20. mestu, Jan Tratnik (Quickstep) pa je bil 131., zaostal je 16 minut in 55 sekund.

Contador, ki ga je španska kolesarska zveza oprostila dopinških obtožb in lahko spet nastopa, Mednarodna kolesarska zveza pa še razmišlja o pritožbi na takšno odločitev pri Mednarodnem športnem arbitražnem razsodišču v Lozani, je prevzel tudi vodstvo v skupni razvrstitvi. Pred Leipheimerjem na drugem in Scarponijem na tretjem mestu ima 23 sekund prednosti. Brajkovič je 18. (+1:20), Tratnik pa 95. (+17:18).

3. etapa, 184 km, 
La Vall d'En Bas-Andorra-Vallnord:
  1. A. CONTADOR       ŠPA     4:45:31
  2. M. SCARPONI       ITA       +0:23
  3. L. LEIPHEIMER     ZDA    isti čas
  4. D. MARTIN         IRS        0:35
  5. C. HORNER         ZDA        isti
  6. A. CANO           KOL         čas
  7. I. BASSO          ITA        0:38
  8. R. URAN           KOL        isti
  9. X. TONDO          ŠPA         čas
 10. C. EVANS          AVS        0:50
 ...                    
 20. J. BRAJKOVIČ      SLO        1:20
131. J. TRATNIK        SLO       16:55

 
Skupni vrstni red:
  1. A. CONTADOR       ŠPA    13:05:55
  2. L. LEIPHEIMER     ZDA       +0:23
  3. M. SCARPONI       ITA    isti čas
  4. D. MARTIN         IRS        0:35
  5. C. HORNER         ZDA             
  6. R. URAN           KOL        0:38 
  7. I. BASSO          ITA             
  8. X. TONDO          ŠPA             
  9. C. EVANS          AVS        0:50 
 10. B. MOLLEMA        NIZ        1:12 
...
 18. J. BRAJKOVIČ      SLO        1:20
 95. J. TRATNIK        SLO       17:18