Kolesarji so morali prevoziti dva vzpona prve kategorije. Še posebej zahteven je bil Col de la Croix, ki je bil na vrsti 15 km pred ciljem. Švicarja Roger Beuchat in David Loosli sta si privozila že 5 minut naskoka pred glavnino, a sta omagala na zadnjem vzponu.

Horner je ušel na spustu 5 km pred ciljem. Drugi je bil Nemec Jörg Jaksche, tretji pa Švicar Alexandre Moos. Tadej Valjavec je zaostal več kot dve minuti.

"Z moštvenim kolegom Cadelom Evansom sva se znašla v vodilni skupini na zadnjem vzponu, pokrila sva lahko vse napade, na koncu pa je meni uspelo priti do etapne zmage," je dejal kolesar iz Kalifornije, ki je tako nadaljeval uspešno dirko za ekipo Davitamon Lotto, saj je 1. etapo v šprintu dobil Robbie McEwen.

V skupnem seštevku ima Horner 7 sekund naskoka pred Italijanom Paolom Savoldellijem, ki je tokrat zasedel 5. mesto.

2. etapa, Porrentruy - Porrentruy, 171 km:
 1. C. HORNER          ZDA     4:16:22 
 2. J. JAKSCHE         NEM       +0:05 
 3. A. MOOS            ŠVI        isti 
 4. A. VALVERDE        ŠPA         čas 
 5. P. SAVOLDELLI      ITA        0:08 
 6. C. EVANS           AVS    isti čas 
...
61. T. VALJAVEC        SLO        2:02 
93. U. MURN            SLO        9:47
 
Skupni vrstni red:
 1. C. HORNER          ZDA     8:31:11 
 2. P. SAVOLDELLI      ITA       +0:07 
 3. A. VALVERDE        ŠPA        0:07 
 4. A. MOOS            ŠVI        0:09 
 5. J. JAKSCHE         NEM        0:11 
...
31. T. VALJAVEC        SLO        2:10 
99. U. MURN            SLO       10:16