Drugo mesto je zasedel njegov rojak Samuel Sanchez, tretje pa Hrvat Robert Kišerlovski. Simon Špilak je na 24. mestu zaostal 23 sekund.
Rodriguez si je etapno zmago priboril s ciljnim šprintom, potem ko sta s Sanchezom tri kilometre pred koncem ujela pobeglega Kišerlovskega. Ta je bil po pobegu skupinice kolesarjev 50 kilometrov pred ciljem sam v ospredju in imel celo že 54 sekund prednosti, ki pa sta jo Španca uspešno izničila. V zadnjih kilometrih sta se nato domača kolesarja bojevala za zmago, boljši pa je bil na koncu Rodriguez in si zagotovil še drugi etapni uspeh v 24 urah.

Enak vrstni red je pred sobotno zadnjo etapo, 19-kilometrskim kronometrom, tudi v skupnem seštevku. Sanchez za Rodriguezom zaostaja devet sekund, Kišerovski pa 26. Špilak je na 15. mestu, zaostaja 51 sekund.

5. etapa, Bera-Onati, 183 km:
  1. J. RODRIGUEZ       ŠPA    4:27:16
  2. S. SANCHEZ         ŠPA       isti
  3. R. KIŠERLOVSKI     HRV        čas
  4. V. KIRJIENKA       BLR       0:02
  5. L. P. NORDHAUG     NOR       0:05
 ...                                  
 24. S. ŠPILAK          SLO       0:23
                                      
Skupni vrstni red po 5. etapi:
  1. J. RODRIGUEZ       ŠPA   20:29:18
  2. S. SANCHEZ         ŠPA      +0:09
  3. R. KIŠERLOVSKI     HRV       0:26
  4. L. P. NORDHAUG     NOR       0:33
  5. M. SCARPONI        ITA   isti čas
 ...                                  
 15. S. ŠPILAK          SLO       0:51