Organizacija podrobno poroča tudi o mučenju osumljencev za terorizem, zaprtih v skrivnostnih zaporih ameriške obveščevalne agencije Cia. Zato je organizacija na predsednika Georgea Busha naslovila zahtevo, naj pove, kje so pogrešani, in naj ukaže zaprtje vseh tajnih zaporov.

Pričanje zaprtega
HRW navaja tudi pričanje palestinskega islamskega ekstremista Marvana Al Džaburja, ki je bil zaprt med letoma 2004 in 2006. Pri tem naj bi ga pretepali in mu povzročali opekline. Džabur je bil prijet v Pakistanu, pakistanski pazniki pa naj bi ga golega priklenili na strop celice. Ko je bil zaprt, naj bi ga večkrat izpraševali Američani, vendar pa v njihovi prisotnosti nikoli ni bil mučen.

Priznal je, da je leta 1998 odšel v Afganistan, da bi se izuril za borbo v Čečeniji, in da je leta 2003 pomagal arabskim borcem pobegniti iz Afganistana v Pakistan, vendar pa zanika vsakršne sledi s teroristično mrežo Al Kaida.

Svarilo EU-ju
Medtem pa so ZDA Evropo posvarile, da preiskave Unije o Ciinih tajnih zaporih in preletih prek držav EU-ja ogrožajo dobro sodelovanje medsebojnih obveščevalnih agencij. Svetovalec ameriške zunanje ministrice John Bellinger je hkrati poročilo Evropskega parlamenta o preiskavi preletov Ciinih letal prek držav EU-ja označil za neuravnoteženo, netočno in nepošteno.