"Dol z Eulexom" in "Kosovo v EU brez Eulexa" so le nekateri izmed napisov, ki jih nosijo protestniki, prepričani, da protokol predstavlja udarec suverenosti Kosova. Po mnenju protestnikov protokol, kateremu je uradna Priština nasprotovala, namreč etnično deli Kosovo in daje Srbiji besedo v notranjih zadevah Kosova. Protokol naj bi začel veljati konec prihodnjega tedna.

Uradna Priština je podpisu sprva ostro nasprotovala in vztrajala, da so za podpis sporazumov v imenu Kosova pristojne samo kosovske institucije. Po več sestankih s predstavniki EU-ja pa sta predsednik in premier Fatmir Sejdiu in Hashim Thaci po petkovem podpisu izpostavila, da Kosovo ni stranka v tem tehničnem dogovoru, ki ne vpliva na njegovo neodvisnost, suverenost in ozemeljsko celovitost. Povabilo Eulexu, da Prištini pomaga pri krepitvi institucij in zakonitosti, je suvereno dejanje neodvisnega Kosova, ki je s ciljem utrditve državnosti in suverenosti še naprej pripravljeno sodelovati z institucijami EU-ja.

Namen protokola je okrepiti boj proti korupciji in organiziranemu kriminalu med Srbijo in Kosovom, okrepil pa naj bi tudi nadzor blaga in ljudi na meji. Podpis protokola je bil eden od tehničnih pogojev, ki jih je morala izpolniti Srbija v prizadevanjih za odpravo vizumov za vstop v schengenski prostor s 1. januarjem 2010.