Po nemškem zavzetju Poljske so ga zaprli v koncentracijsko taborišče Plaszow, kjer je zaradi svojih birotehničnih veščin naglo postal osebni tajnik poveljnika taborišča hauptsturmführerja Amona Götha. To službo je Mietek opravljal od marca 1943 do oktobra 1944.
Tam je spoznal tudi podjetnika Oscarja Schindlerja, ki je pogosto popival z Göthom. Schindler in Mietek sta našla skupni interes ter začela tesno sodelovati.

Ko se je vojna bližala koncu, deportacije Judov pa so postajale vse pogostejše, je Mietek na vse načine skušal rešiti svoje rojake. Ko je med branjem Göthove pošte izvedel, da bodo deportirani vsi Judi, ki delajo v industriji, ki ni neposredno vezana na vojne potrebe, mu je uspelo pregovoriti Schindlerja, da preneha izdelovati lonce in se preusmeri v proizvodnjo protitankovskih granat.

V tem obdobju je Pemper Schindlerju dostavil seznam 1.200 Judov, ki ga je natipkal v svojem uradu in pri tem tvegal svoje življenje. Judje na seznamu so bili tisti, ki jih je Schindlerju uspelo rešiti pred deportacijo v taborišča.

Po vojni je Pemper pričal na sojenju proti Göthu, ki so ga usmrtili leta 1946. Z Oscarjem Schindlerjem je ostal tesen prijatelj vse do njegove smrti leta 1966.