V bolnišnici so denar za zdravila zaradi nižjih cen, ki jim jih je uspelo izpogajati z dobavitelji zdravil, prerazporejali drugam, Zavod za zdravstveno zavarovanje Slovenije pa ga je bolnišnici leta 2011 odvzel.

Na inštitutu - v času, ko je nastal spor, ga je vodila Ana Žličar - so poudarjali, da so prihranke vseskozi usmerjali v boljšo oskrbo bolnikov. Uvajali so nove načine diagnostike in zdravljenja in zanje niso zaprosili za dodatna sredstva, izpostavili pa so tudi stroške adaptacije nekaterih oddelkov in novi obsevalni napravi. Tedaj so opozarjali tudi, da odvzem denarja pomeni odvzem pravice, da sami razpolagajo s prihranki na račun dobrega gospodarjenja.

Onkologija se je zato obrnila na sodišče, ki pa je po poročanju Dnevnika tožbo zavrnilo. Zdajšnji generalni direktor inštituta Janez Remškar je za Dnevnik povedal, da odločitve, kako se bodo na razsodbo odzvali, sicer še niso sprejeli. Ravnanje prejšnjega vodstva ima za utemeljeno.

Iz blagajne ne pokrijejo stroškov
7,6 milijona evrov pomeni skoraj devet odstotkov letnih prihodkov inštituta. Leto 2013 so sklenili s skoraj pol milijona evrov presežka, saj se ukvarjajo tudi s tržno dejavnostjo in za druge javne zavode na primer opravljajo laboratorijske storitve.

Prihodki iz zdravstvene blagajne so pogosto nižji od dejanskih stroškov: na seji sveta inštituta v sredo so izpostavili neurejeno financiranje paliativne oskrbe, s katero bolnikom lajšajo bolečino in druge težave. Pesti jih tudi prostorska stiska, saj tudi nove stavbe niso kos naraščanju števila bolnikov in zdravljenj v zadnjih letih.