Kot je v revizijskem poročilu zapisalo sodišče, je IVZ v nasprotju z zakonom o sistemu plač v javnem sektorju in zakonom za uravnoteženje javnih financ javnim uslužbencem izplačal najmanj za 39.429 evrov previsoke in 847 evrov prenizke plače. Za delo prek študentskega servisa v znesku 1.210 evrov pa inštitut ni pridobil soglasja.

Po navedbah sodišča je IVZ javnim uslužbencem, ki niso bili upravičeni do nezgodnega zavarovanja, v nasprotju z zakonom o javnih uslužbencih plačeval premije za nezgodno zavarovanje v skupnem znesku 15.797 evrov.

Poleg tega je Računsko sodišče ugotovilo, da je inštitut pri nakupu materiala, zdravil, storitev in osnovnih sredstev v znesku nekaj manj kot 14 milijonov evrov ter pri izvajanju posameznih postopkov izbire dobaviteljev ravnal v nasprotju s predpisi o javnem naročanju.

Ker IVZ med revizijskim postopkom ni odpravil vseh ugotovljenih nepravilnosti, je Računsko sodišče od Nacionalnega inštituta za javno zdravje in Nacionalnega laboratorija za zdravje, okolje in hrano zahtevalo predložitev odzivnih poročil, v katerih morata opredeliti ukrepe za odpravo nepravilnosti pri določanju in obračunavanju plač ter oddaji javnih naročil.