Svoje najbolj odmevno znanstveno delo O izvoru vrst je Darwin izdal leta 1859 in z njo šokiral vernike ter se znašel na robu izobčenja. Darwinovi zapiski so bili prej dostopni samo znanstvenikom univerze v Cambridgeju, zdaj pa so na ogled vsem, na spletni strani Darwin online, kjer je shranjenih 20.000 strani.

Darwinov spletni arhiv je tako obsežen, da bi potrebovali kar dva meseca za ogled vseh slik, če bi si vsako minuto na računalnik naložili eno sliko. V arhivu najdemo tudi zapiske z znamenitega petletnega potovanja z ladjo Beagle, med katerim je Darwin zbral fosile in primerke različnih vrst, kar je predstavljalo osnovo za njegovo teorijo evolucije.

Knjiga O izvoru vrst je korenito spremenila pogled na evolucijo in zato ostaja ena najbolj vplivnih znanstvenih del. V njej je Darwin predstavil teorijo, da se populacije skozi generacije razvijajo s procesom naravne selekcije, kar je postalo osnova moderne biologije.