Po poročanju časopisa Dnevnik so pripombe Računskega sodišča letele tako na računske izkaze kot na samo poslovanje javnega zavoda. Poročilo kaže, da v ustanovi niso pravilno amortizirali in evidentirali odpisa drobnega inventarja, očita se ji tudi, da niso popisali notnega gradiva, notnega arhiva in umetniških predmetov, kar bi morali storiti vsaj vsakih pet let. Poročilo navaja še nekaj "knjiženj po domače", tako naj bi denar iz rezervnega sklada prikazali med stroški storitev namesto med dolgoročnimi terjatvami.
V računovodskih izkazih 35.000 evrov premalo
S prodajo abonmajev naj bi zaslužili za dobrih 35.000 evrov več, kot so to zapisali v računovodske izkaze. S koncerti v sezoni 2012/2013 so zaslužili 172.630 evrov, in ne samo 137.521 evrov, še ugotavljajo na Računskem sodišču. Poročilo navaja še nekaj nepravilnosti pri upravljanju petih stanovanj in dveh sob, nekaj očitkov pa leti še na nespoštovanje zakona o sistemu plač v javnem sektorju. Nekateri niso napredovali v umetniških in posledično plačnih razredih, drugi pa so napredovali preveč.
Damjan Damjanovič je dejal, da pomenijo pripombe Računskega sodišča za filharmonijo popravljalne ukrepe, pri čemer so, kot je poudaril, odgovorni zgolj ministrstvu in Računskemu sodišču.