Jakopič se je rodil v Ljubljani v premožni trgovski družini iz predmestja Krakova. Obiskoval je realko, a je šolanje prekinil in se posvetil umetnosti. Leta 1887 se je vpisal na dunajsko akademijo, vendar je zaradi epileptičnih napadov za dve leti prekinil študij. Po končanih dveh letnikih dunajske akademije se je leta 1890 vpisal na münchensko akademijo, kjer je zaradi nezadovoljstva s programom študij kmalu opustil. Izpopolnjeval se je v znameniti šoli Antona Ažbeta v Münchnu, so o umetniku zapisali v Narodni galeriji, kjer so njegove slike del stalne zbirke.

Po slabem odzivu domače javnosti se je odpravil na Dunaj
Leta 1902 se je preselil v Škofjo Loko, a se je leta 1906 vrnil v Ljubljano, kjer je ustvarjal vse do smrti. Z Ivanom Groharjem, Matijo Jamo in Matejem Sternenom so se leta 1900 predstavili na 1. slovenski umetniški razstavi in dve leti pozneje še na 2. slovenski umetniški razstavi. Po slabem odzivu domače javnosti se je leta 1903 Jakopič odpravil na Dunaj, kjer se je na pregledni razstavi srečal z evropskim impresionizmom. Že leto pozneje se je dunajskemu občinstvu pod skupnim imenom kluba Sava predstavila tudi slovenska četverica.

Leta 1907 je ustanovil risarsko in slikarsko šolo. Sprva jo je vodil skupaj s Sternenom, nato od leta 1914 sam. Leta 1909 je dal po načrtih Maksa Fabianija na svoje stroške zgraditi prvo slovensko umetniško razstavno galerijo. Razstavišče, ki se ga je prijelo ime Jakopičev paviljon, je bilo vse do druge svetovne vojne osrednji razstavni prostor slovenske likovne umetnosti. Zaradi prestavitev železniške proge so ga leta 1961 podrli.

Jakopič se je tudi podpisal pod vrsto člankov. Pisal je o rojstvu impresionizma pri nas in s svojimi zapisi uveljavil teoretične poglede, ki so usmerjali slikarstvo prve polovice preteklega stoletja.

Eden izmed ustanoviteljev Narodne galerije
Bil je izjemno plodovit umetnik. Svoja dela je pogosto razstavljal, a večinoma na skupinskih razstavah. Kot eno osrednjih slovenskih umetniških imen prve polovice 20. stoletja je redno razstavljal tudi na vseh pomembnejših razstavah takratne jugoslovanske umetnosti tako doma kot v tujini.

Bil je tudi eden izmed ustanoviteljev Narodne galerije, pokrovitelj novomeške pomladi in ustanovni član Slovenske akademije znanosti in umetnosti.

Breze, delo na polju in tihožitja
Po prvi svetovni vojni je svojo lirično in simbolistično impresionistično tehniko nadgradil z ekspresionistično odločno potezo in z živo barvo, kot vodilne teme pa obdržal Savo pri Tacnu, breze, delo na polju in pozneje tudi tihožitja.

Leta 2016 so v Narodni galeriji, kjer med drugim hranijo njegove Breze, Kamnitnik v snegu, Križanke v jeseni, Zimsko pokrajino, Kopalke in Topole, pripravili razstavo Jakopičevih risb. Kot so zapisali, so Jakopiču risbe služile kot stenografski zarisi prihodnjih kompozicij, pozneje šele tudi kot način reševanja posameznih težav v detajlih, nikoli pa jih ni namenil javnosti.

Leta 1965 so po njem poimenovali osnovno šolo na Jami v Šiški. Upodobljen je bil na bankovcu za 100 tolarjev.