Italijanska tiskovna agencija Ansa navaja vire na univerzi, ki pravijo, da Rupnik ne bo več mentor, kar je bila tudi njegova edina dejavnost na univerzi v zadnjem obdobju, saj tam že od leta 2020 ni več poučeval.

Patru Rupniku očitajo psihične in fizične zlorabe več redovnic ljubljanske skupnosti Loyola pred več desetletji. Omenjene obtožbe so bile vložene leta 2021, a je pristojni cerkveni organ ugotovil, da so zastarale, zato je primer zaključil.

Njegovi nadrejeni so sprejeli ukrepe proti sicer priznanemu sakralnemu umetniku. Že leta 2019 so je začasno izobčili, ker je žensko, ki je imela z njim spolne odnose, odvezal greha. Kot je potrdil predstojnik svetovnega jezuitskega reda Arturo Sosa, pa so ukrep ekskomunikacije pozneje odpravili, ker je Rupnik greh priznal in se zanj pokesal.

Dve leti po Rupnikovem izobčenju je Vatikan zaradi obtožb o zlorabah patru prepovedal opravljati nekatere dejavnosti. Ti ukrepi sicer ostajajo v veljavi, a zaradi zastaranja zadeve kazenskega pregona ni bilo.