Tuji mediji poročajo, da je bil Nizeyimana na poti iz Kenije v DR Kongo, ko so ga prijel, pri sebi pa je imel lažne dokumente. Tiskovna predstavnica ugandske policije je povedala, da so Nizeyimano že odpeljali na sedež Mednarodnega kazenskega sodišča za Ruando, ki ima sedež v Arushi v Tanzaniji. Sodišče za Ruando aretacije še ni potrdilo, so pa sporočili, da je je Nizeyimana eden od največjih osumljencev in najbolj iskanih zločincev.

Obtožnica proti Nizeyimani vsebuje obtožbe, da je prav on naročil vojakom, naj ugrabijo skupino beguncev, med katerimi je bilo 25 otrok, ki jih niso nikoli več našli, odredil pa naj bi tudi ugrabitev dveh duhovnikov, ki so jih kasneje ubili. Nizeyimana je naročil zasedbe na cestah, kjer so se morali ljudje identificirati in kjer so Tutsije nato pokončali z mačetami, bil pa je tudi avtor seznama Tutsijev, ki so jih pobili.

Nizeyimana odgovoren za umor kraljice
Nizeyimana je bil vodja obveščevalne službe in vojaških operacij v času, ko se je v Ruandi dogajal genocid, sam pa naj bi organiziral poboje več tisoč etničnih Tutsijev, med njimi tudi kraljice Rosalie Gicanda, vdove kralja Mutare III. Hutujci naj bi po ukazu Nizeyimane kraljico odpeljali z njenega doma v mestu Butare ter jo za narodnim muzejem ustrelili. Poleg nje so ubili še številne ženske, ki so kraljico po ugrabitvi iskale, ter kraljičino mamo.

Leta 1994 so Hutujci v Ruandi v 100 dneh pobili več kot 800.000 Tutsijev. Grozoviti poboji z mačetami so bili najhujši v vaseh. Združeni narodi, ki so imeli v Ruandi svoje mirovne enote, pa so se zganili šele, ko je bilo ubitih že okoli pol milijona ljudi.