Prvi korak k "uradni" razmejitvi med Slovenijo in Hrvaško je storila t. i. Badinterjeva komisija oz. Arbitražna komisija konference o Jugoslaviji, ki jo je vodil francoski pravnik Robert Badinter. Med letoma 1991 in 1993 je njegova komisija podala 15 nasvetov o večjih pravnih vprašanjih, ki so se pojavila zaradi razpada SFRJ-ja. Med drugim je predlagala tudi mednarodno priznanje neodvisne Slovenije, kar je nato Evropska skupnost storila 15. januarja 1992.

Nekaj dni pred tem, 11. januarja 1992, je Badinterjeva komisija v mnenju o mejah zapisala, da se meje med "neodvisnimi državami ne smejo spreminjati, razen s prostovoljno doseženim dogovorom" in, "razen če je drugače domenjeno, nekdanje meje postanejo meje, ki jih ščiti mednarodno pravo". Po teh načelih torej meje nekdanjih jugoslovanskih republik postanejo meje novonastalih držav.

53 katastrskih razhajanj
Dobra dva meseca pozneje, 18. marca 1992, je bila ustanovljena strokovna delovna skupina za vprašanje meje med Slovenijo in Hrvaško. Tedanji vodja hrvaške komisije za državne meje, strokovnjak za pomorsko pravo Davorin Rudolf, je - kot je tedaj poročal STA - dejal, da "Hrvaška nima nobenih ozemeljskih zahtev do Slovenije".

Komisija je nato med letoma 1993 in 1994 kot eno od izhodišč za nadaljnje delo identificirala 53 katastrskih razhajanj, večjih od 50 metrov. Pozneje je komisija pripravila predlog rešitev za kopenski del meje, razen za štiri območja (Prekmurje, Sekuliči pri Metliki, Tomšičeva parcela – Snežnik in Dragonja) ter glede morske meje.

Določitev morske meje je predstavljala oz. še predstavlja večjo težavo, saj pred razpadom Jugoslavije ni obstajala morska meja med republikami SFRJ, torej tudi ne med Slovenijo in Hrvaško. Državni zbor je leta 1993 sprejel memorandum o Piranskem zalivu, ki veleva ohranitev njegove celovitosti z izhodom na odprto morje. Hrvaška pa je na drugi strani vztrajala pri stališču, da meja poteka po sredinski črti, po katerem ji pripada polovica zaliva.

Različna mnenja glede meje na Dragonji
Slovenija se je glede kopenske meje pri Piranskem zalivu sklicevala na mejo katastrskih občin, po kateri bi Sloveniji pripadlo tudi 113 hektarjev zemljišča južno od Dragonje. Hrvaška pa je menila, da teče meja med Slovenijo in Hrvaško po starem koritu reke Dragonje, kot je bilo to določeno z memorandumom iz leta 1947. Reka Dragonja je tekla po stari strugi do petdesetih let, ko so jo preusmerili v južnejši Kanal sv. Odorika, ki se izliva v Piranski zaliv. Ta je veljal za mejo ob osamosvojitvi 25. junija 1991.

Slovenija in Hrvaška sta si nato leta 1995 priznali legitimnost zahtevkov glede spoštovanja statusa quo na dan 25. junija 1991 na spornih območjih na kopnem. Aprila 1997 sta državi podpisali sporazum o obmejnem prometu in sodelovanju, ki določa lažji režim prehajanja meje za obmejno prebivalstvo in določa, da obmejno območje na kopnem sega deset kilometrov v notranjost vsake države.

Neuspešni William Perry
Hrvaški sabor je na začetku aprila leta 1999 sprejel deklaracijo o stanju odnosov med Slovenijo in Hrvaško, v kateri je hrvaško vlado zavezal, da mora zastopati stališče, da meja v Piranskem zalivu poteka po sredini. Nekaj tednov pozneje sta se vladi dogovorili, da za posrednika v zvezi s tem vprašanjem imenujeta nekdanjega ameriškega obrambnega ministra Williama Perryja, ki naj bi obema stranema podal le "neobvezujoče strokovno" mnenje. Toda tudi njegov poskus mediacije je neuspešen.

Sporazum Drnovšek-Račan zavrnil sabor
Slovenija in Hrvaška sta glede dogovora o spornih mejnih vprašanjih najdlje prišli leta 2001, ko sta predsednika vlad Janez Drnovšek in Ivica Račan parafirala sporazum o skupni državni meji. T. i. sporazuma Drnovšek-Račan, ki je razmejil državi na kopnem in prvič na morju (Sloveniji bi bil omogočen dostop do odprtega morja skozi poseben koridor), ni potrdil hrvaški sabor, zato je septembra 2002 Hrvaška Sloveniji poslala pismo, da ne more sprejeti parafirane pogodbe.

V Piranskem zalivu je nato prihajalo do številnih mejnih incidentov in na skupni seji slovenske in hrvaške vlade 10. junija 2005 na Brionih je bila sprejeta skupna izjava o izogibanju incidentom, ki pa ni načrtovala reševanja mejnega vprašanja med državama.

Julija 2007 je slovenska vlada hrvaški vladi poslala zaupen predlog za ureditev odprtih vprašanj. Za posrednika je Slovenija hrvaški strani predlagala, naj državi mejni spor rešita s spravnim postopkom pred Sodiščem za spravo in arbitražo Organizacije za varnost in sodelovanje v Evropi (OVSE).

Hrvaška je to možnost zavrnila in nato poslala svoj predlog, po katerem naj bi državi za reševanje spora zaprosili Mednarodno sodišče za pomorsko mednarodno pravo (ITLOS) v Hamburgu. Predlog za slovensko vlado ni bil sprejemljiv, saj je vztrajala, da se mora rešiti tako meja na morju kot na kopnem.

Blejski sporazum Janša-Sanader
26. avgust 2007 sta slovenski in hrvaški premier Janez Janša in Ivo Sanader na Bledu dosegla neuradno načelno soglasje, da bo vprašanje meje na morju in spornih točk na kopenski meji rešeno po sodni poti. Slovenija je predlagala meddržavno sodišče v Haagu, arbitražno sodišče ali arbitražo ad hoc. Imenovana je bila tudi Mešana slovensko-hrvaška skupina pravnih strokovnjakov, ki naj bi pripravila predlog takšnega posebnega sporazuma. Vendar do dogovora ni prišlo.

V reševanje spora je posegel tudi komisar za širitev EU-ja
Mejni spor med Slovenijo in Hrvaško, ki je bila sredi pogajanj za priključitev k EU-ju, je leta 2009 skušal rešiti komisar za širitev EU-ja Olli Rehn. Sprva je predlagal mediacijo, ki jo je Hrvaška zavrnila. Sledil je predlog, da bi spor rešili z arbitražo, s čimer se je Slovenija načeloma strinjala. Postavila pa je nekaj pogojev, in sicer upoštevanje stanja na dan 25. junija 1991 ter načelo pravičnosti oz. upoštevanje vitalnih interesov in pomembnih okoliščin. Hrvaška je tudi ta predlog zavrnila in vztrajala pri svojem tedanjem stališču o reševanju spora pred Meddržavnim sodiščem v Haagu.

22. aprila 2009 je bil objavljen prvi osnutek Sporazuma o reševanju spora, t. i. prvi Rehnov predlog, ki ga je Hrvaška sprejela, Slovenija pa je predlagala nekatera dopolnila. Drugi Rehnov predlog je bil nato predstavljen sredi junija 2009. V besedilu so bila upoštevana slovenska dopolnila, s čimer se Hrvaška ni strinjala in je zato odstopila od nadaljnjih pogovorov.

Kljub novemu propadlemu poskusu reševanja mejnega spora sta se konec julija 2009 na gradu Trakošćan srečala takratna predsednika vlad Borut Pahor in Jadranka Kosor ter se dogovorila glede nadaljevanja pogovorov za rešitev mejnega vprašanja.

Kosorjeva je tedanjemu švedskemu predsedstvu EU-ja poslala izjavo, da noben dokument v pristopnem procesu Hrvaške ne prejudicira meje. Slovenija pa je umaknila veto začetku hrvaških pristopnih pogajanj z EU-jem. Dosežen je bil tudi dogovor, da se bodo pogajanja o reševanju mejnega spora nadaljevala na podlagi drugega Rehnovega predloga.

Podpis arbitražnega sporazuma
Po nekaj zapletih so se pogajanja končala s podpisom arbitražnega sporazuma, ki so ga Pahor, Kosorjeva ter švedski predsednik vlade Fredrick Reinfeldt kot priča v imenu predsedstva Sveta EU-ja podpisali v Stockholmu 4. novembra 2009.

Spodaj si lahko preberete, kako je potekal celotni arbitražni postopek (avtor: Tina Hacler).